Miután hősünket a ctOS 2.0 tévesen vádolja meg egy olyan dologgal, amit el sem követett, Marcus üldözötté válik a saját városában, ám néhány barátja oldalán mindezt nem hagyja szó nélkül, így fegyvert ragadva, főként hacker-képességeire és futurisztikus eszközeire alapozva ott rúg bele a rendszerbe, ahol a legjobban fáj neki.

A Watch Dogs 2-ben Marcus oldalán szabadon bejárhatjuk San Francisco városát, felkereshetjük a legismertebb helyszíneket és épületeket, miközben irányításunk alá vehetünk bármit, amit korábban a hálózatra kapcsoltak, így feladataink teljesítéséhez a metropolisz minden elemét, de akár lakóját is felhasználhatjuk majd. Mindeközben csak mi döntjük el, hogy igazi akcióhősökké válunk-e a küldetések során, vagy meghúzódunk az árnyékban, és inkább csendben visszük véghez tervünket!