A Tropico 3-ban a játékosok az "El Presidente" szerepét veszik át, aki egy katonai puccs vezetője, aki nemrég vette át a hatalmat a Tropico Banán Köztársaság szigetországa felett. A játék szimulációs aspektusai nagy hangsúlyt fektetnek a polgári, lakossági, katonai és intézményépítésre a szigeten, valamint az erőforrás-gazdálkodásra, és a játékosnak lehetősége van eldönteni, hogy gazdaságilag hogyan segíti elő ezt a növekedést. Függetlenül attól, hogy Tropicót üdülőparadicsommá, rendőrállammá vagy modern ipari nemzetté alakítod - tetteidet mindig meg kell védened a néped előtt. A játékosok El Presidente-ként járják Tropicót, hogy megfélemlítsék politikai ellenfeleiket, populista beszédeket tartsanak, vagy csak élvezzék országuk saját karibi hangulatát.

A játék stratégiai szempontja megköveteli a játékosoktól, hogy éberen figyeljék az abszolút hatalmad veszélyeit és mellékhatásait. A saját puccsod előzményeire építve minden sarkon veszély leselkedik rád, legyenek azok a harcos forradalmárok, akik a hatalomból való kiszorításodat tervezik, vagy a szuperhatalmak, az USA és a Szovjetunió mesterkedései, akik mindketten egy engedékenyebb uralkodót szeretnének látni a stratégiailag fontos Tropicóban. A játék 15 küldetésén belül a történelem olyan eseményekkel veszi fel a fonalat, mint a kubai válság, a pápai látogatások és más tényleges, meghatározó történelmi események. A kormányzás és a meggyőzés eszközeinek megválasztása teljes mértékben a tiéd, és az egyetlen kérdés az, hogy a Tropicóról alkotott elképzelésed túléli-e, hogy szerepet játszhasson ebben a történelemben.